أصبحت متاجر التطبيقات ضرورية لتثبيت التطبيقات الآمنة، أي الخالية من الفيروسات والبرامج الضارة والعناصر الخبيثة الأخرى، مع أن بعض التطبيقات الخبيثة قد تتسلل أحيانًا. تُقيّد Apple افتراضيًا تثبيت التطبيقات من متجر Mac App Store على أجهزة Mac ، وهو خيار يُمكن تعديله للسماح بتثبيت التطبيقات من مطورين معتمدين خارج متجر Mac App Store، أو للسماح بتثبيت أي تطبيق بغض النظر عن مصدره، وهو الخيار الأقل تفضيلًا في جميع الأحوال.
أحدث إصدار من نظام التشغيل ويندوز 10، وهو الإصدار 15042 من مايكروسوفت، متاح الآن للتثبيت. يأتي هذا الإصدار الجديد بتغيير قد لا يروق للكثيرين ، حيث قامت مايكروسوفت بتعقيد عملية تثبيت التطبيقات من خارج متجر ويندوز، على غرار نظام Gatekeeper على أجهزة ماك، كما ذُكر سابقًا. يبدو أن الشركة التي تتخذ من ريدموند مقرًا لها ترغب في أن يعتاد المستخدمون على استخدام متجر ويندوز، وهو متجر ثانوي يكاد يكون منسيًا لدى العديد من مستخدمي ويندوز 10.
تكمن المشكلة التي نواجهها غالبًا مع متجر ويندوز في أن العديد من التطبيقات المتاحة حاليًا، لكونها تطبيقات عالمية، تقدم واجهة مختلفة تمامًا عما اعتاد عليه مستخدمو ويندوز. هذه الواجهة تُقلل من عدد كبير من الخيارات. ومن الأمثلة الواضحة على هذه القيود تطبيق VLC، الذي تختلف نسخته المتوفرة في متجر ويندوز تمامًا عن النسخة المتوفرة عبر موقع المطور الإلكتروني.
من الواضح أن نظام التشغيل ويندوز، بالإضافة إلى تشجيع استخدام متجر ويندوز ، يريد أن يشعر المستخدمون بمزيد من الحماية عند تثبيت التطبيقات، وهي تطبيقات متوفرة في متجر ويندوز، مما يمنحنا ضمانًا بأنها خالية من الفيروسات والديدان والبرامج الضارة وغيرها من آفات الكمبيوتر.